从目前上海试点“营改增”的效果来看，改革中暴露出了不少问题，部分行业实际税负激增便是其中之一。
中国物流与采购联合会最新公布的报告显示，对于此次“营改增”的重点物流行业而言，由于装卸搬运服务和货物运输服务的税率从营业税的３％调整为增值税的１１％，上调幅度较大，兼且实际可抵扣项目较少，导致试点后企业实际税负大幅增加。据中采联的调查，２００８～２０１０年三年间，样本中的物流企业年均营业税实际负担率为１．３％，，其中货物运输业务负担率平均为１．８８％。实行增值税后，即使货物运输企业发生的可抵扣购进项目中全部可以取得增值税专用发票进行进项税额抵扣，实际增值税负担率也会增加到４．２％，上升幅度为１２３％。实际税负翻番。
同样的问题也出现在餐饮业中。２０１１年国税总局颁布的《公告》规定，旅店业和饮食业纳税人销售非现场消费的食品应当缴纳增值税，不缴纳营业税，于２０１２年１月１日起执行。这令部分外卖比例较高的大型餐饮企业怨声载道。按照原标准，餐厅销售食品统一按照营业税额纳５％的营业税，“营改增”后，若将外卖食品算作非现场消费食品，就应缴纳１７％的增值税，税负何止翻番。特别地，由于增值税以税款抵扣的方式征缴，需要以购进商品或劳务时所开具的增值税发票抵扣，对于进货渠道往往难以提供增值税发票的餐饮业而言，税负将进一步增加。
不难推想的是，流通环节税负的增加将被企业通过商品及劳务价格的上涨转嫁到下游消费环节，最终受损的仍将是广大消费者。这也与中央降低流通环节费用的设想背道而驰。事实上，已有部分企业在“营改增”的背景下实施了涨价，国际航运巨头马士基旗下丹马士、乔达国际等货运公司便被指向外贸企业多收６％的税款。若“营改增”的税制改革没有进一步完善，这样的案例恐怕只会越来越多。
从目前“营改增”的效果来看，中国税改的方向似乎与市场的预期南辕北辙，名义上减税，实际的税负却激增。减税是在与虎谋皮，在强势政府面前，弱势市场如何争取到发展的空间，如何重新确立政府与市场之间的界限，已不仅仅是税制改革的范畴，这是中国进一步改革所需要思考的重中之重！
